Wystąpienie nietrzymania kału może mieć różnorakie przyczyny. Do najważniejszych należą:

• urazy w obrębie miednicy
• urazy rdzenia kręgowego
• zabiegi proktologiczne np. wycięcie hemoroidów, operacja przetoki okołoodbytniczej lub szczeliny odbytu z chirurgicznym przecięciem zwieracza wewnętrznego
• wypadanie odbytnicy, przepuklina odbytnicy, hemoroidy
• przebyte porody, szczególnie akcja porodowa z wydłużoną II fazą, powikłana pęknięciem krocza lub źle wykonanym jego nacięciem, a także zastosowanie kleszczy
• przewlekłe zaparcia, gdy nacisk na ściany odbytnicy może powodować uszkodzenie nerwów, które kontrolują ruchy jelit
• przewlekłe biegunki
• radioterapia w obrębie miednicy
• przewlekłe stany zapalne jelit, wrzodziejące zapalenie jelita grubego, a szczególnie choroba Leśniowskiego Crohna, zespół jelita nadwrażliwego
• rozwijająca się w przebiegu długoletniej cukrzycy polineuropatia
• stwardnienie rozsiane